חומר הסיליקון האורגני הוא בעל מבנה ייחודי:
(1) קבוצות מתיל מספיקות על אטומי Si מגנות על השרשרת הראשית של הפוליסילוקסן האנרגטית;
(2) ל- CH אין קוטביות, מה שהופך את כוח האינטראקציה הבין מולקולרית לחלש מאוד;
(3) אורך הקשר Si-O ארוך יותר וזווית הקשר Si-O-Si גדולה יותר.
(4) קשר Si-O הוא קשר קוולנטי בעל מאפייני קשר יוניים של 50% (לקשר קוולנטי יש כיוון, לקשר יוני אין כיווניות).





